Tras la muerte de Carlos III, en el año 1425, Navarra se vio sumida en una profunda crisis institucional ocasionada también por el enfrentamiento entre las facciones en litigio que se disputaban el control del reino. En la primera década del siglo XVI, sólo quedaba del Reino de Navarra: la Alta Navarra (perteneciente actualmente a España) y, por otro lado, la Baja Navarra y el Béarn (hoy en día pertenecientes a Francia). Navarra estaba en estado de preguerra civil entre beamonteses, en el norte y mitad oeste de Navarra, y agramonteses, en el sur, en la ribera del Ebro y mitad este de Navarra.
Reinaban en Navarra Catalina y Juan de Albret, a quienes Fernando el Católico invitó a formar parte de la alianza contra el rey francés Luis XII, sin resultado alguno. En realidad, los reyes de Navarra temían tanto a Francia como a España, las dos grandes potencias que la rodeaban, y éstas a su vez, pretendían anexionarse su pequeño territorio, no tanto para acrecentar sus dominios como para evitar la alianza con el enemigo. En esta situación, Fernando el Católico tuvo noticias del Tratado de Blois, firmado el 18 de julio de 1512 entre Francia y Navarra, contrario a sus intereses políticos e inmediatamente invadió Navarra con la ayuda de los beamonteses (contrarios a Catalina y Juan de Albret, que eran apoyados por los agramonteses), así como de vascos occidentales pertenecientes a Castilla [ desde los siglos XIII (guipuzcoanos) o XIV (alaveses) ] o en su órbita (vizcaínos, incorporados a Castilla en 1516). El duque de Alba consiguió (25 de Julio de 1512) la rendición de Pamplona, y aunque los franceses intentaron recuperar el reino, no tardaron en retirarse de él.
Si bien entre los planes de los beamonteses no estaba la desaparición del Reino de Navarra, en 1515 las Cortes de Castilla, celebradas en Burgos, incorporaron la corona de Navarra a la del trono castellano. Se reconoció que cada una de las dos monarquías mantendrían las peculiaridades en sus leyes, territorio y gobierno y que Navarra era un reino diferenciado de las demás monarquías españolas, en cuanto a su territorio, jurisdicción, juicios y gobierno. La incorporación significaría, además, una unión de iguales entre dos reinos, con un reconocimiento expreso de los fueros y leyes navarros. La última resistencia a la invasión española se encuentra en Amaiur (Maya) en 1522.
El rey de Navarra en 1530, vuelve a ocupar la Baja Navarra, abandonada por Carlos I de España. En 1589, Enrique III de Navarra se convierte en « Rey de Navarra y de Francia » bajo el nombre de Enrique IV.
Por un edicto de unión en 1620 Luis XIII, rey de Navarra y de Francia, une Navarra a la corona francesa, aunque el acto no es reconocido por los navarros quienes tienen sus mandatarios en Pabe (Pau). En 1631 Vizcaya aprovechando el levantamiento de catalanes y portugueses por su independencia de España, intenta también independizarse; aunque la rebelión es sofocada por el ejército español, tanto en Cataluña como en Vizcaya, si bien Portugal consigue independizarse. Por el tratado de los Pirineos en 1659, Luis XIV renuncia a sus derechos legítimos sobre la Navarra meridional, todavía ocupada por los españoles. En 1661, se ejecuta a Bernard de Goihenetxe, llamado Matalaz, jefe de la revuelta de Sola en contra de la reseñorialización de este territorio vasco propugnada por la monarquía francesa, y que atentaba contra las instituciones económicas y políticas tradicionales de Sola.
Por el Tratado de Elizondo (Navarra), en 1765, los reyes de España y de Francia fijan la frontera de sus reinos en territorio pirenaico navarro, el tratado no se aplicará a causa de la protesta de navarros del norte y del sur. En 1789 la revolución francesa suprime las instituciones forales de Sola y de Labort, y se anexiona la Baja Navarra, quien no ha querido participar en las reuniones parlamentarias en Versalles.
En 1790 se crea el Departamento de Bajos-Pirineos (actual Pirineos Atlánticos) integrado por las regiones vascas de Labort, Baja Navarra y Sola, y por la región gascona del Beárn, un departamento que niega identidad propia a los vascos continentales.
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