En la lucha dinástica al trono de España, Isabel (hija legítima de Fernando VII muerto en 1833) se alió con los liberales dando lugar al bando de los isabelinos; mientras que Carlos María Isidro de Borbón (hermano del rey Fernando VII) que era absolutista se alió con las tesis foralistas que estaban en contra de la desaparición de los regímenes forales, lo que dio lugar al carlismo y al bando carlista.
El conflicto carlista vasco estuvo condicionado por las tensiones sociales entre partidarios y detractores de la permanencia de los regímenes forales. Mientras los propietarios rurales deseaban su pervivencia, los comerciantes, residentes principalmente de las ciudades, deseaban su supresión o modificación. Los primeros se identificaban mayoritariamente con el absolutismo, a pesar de que Fernando VII, padre de Isabel II, también había intentado la supresión de los fueros.
Por tanto, en la "Primera guerra carlista" (1833 - 1839), parte de los vascos sureños apoyan a los carlistas, no por causas dinásticas sino por defender la no desaparición de las instituciones vascas establecidas en los fueros. En 1839, los carlistas son derrotados. Se celebra la convención de Bergara, que trae consigo la pérdida gradual de los regímenes forales de Alava, Vizcaya, Guipúzcoa y Navarra. En 1841, se transfiere la aduana española del Ebro al Bidasoa. Comienza en 1845, el éxodo masivo de vascos a America del sur, que ya había comenzado el siglo anterior para huir de las hambrunas. Gran parte de la población vascoparlante de Navarra emigró a América, lo que hizo que el euskera, que seguía siendo la lengua mayoritaria de los navarros, fuese perdiendo terreno a marchas forzadas; mientras que el español, otrora lengua hablada solamente en la ribera del Ebro, en el sur de Navarra, y en la mitad este (romanzado), se fue extendiendo hacia la mitad y norte de la región.
En 1856, se celebra una convención franco-española para aplicar la fijación de la frontera compartiendo Navarra.
"Segunda guerra carlista" (1872 - 1876), en la que las aspiraciones de parte de los vascos de recuperar la soberanía se ven truncadas por la derrota de las tropas carlistas, lo que ocasiona el reforzamiento del centralismo español y pérdida definitiva de los regímenes forales.
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